Myšlenka vzniku botanické zahrady při Vysoké škole zemědělské vznikla již v roce 1926. Tehdejší zahrada představovala jen malou plochu poblíž areálu školy, která obsahovala taxony bylin se zaměřením na zemědělskou produkci.

V návaznosti na tuto zahradu bylo v roce 1938 pro potřeby výuky lesních inženýrů založeno arboretum. Jeho zakladatelem byl vynikající pedagog a vědec Prof. August Bayer, který za druhé světové války zahynul v koncentračním táboře.

V 60. létech bylo třeba rozšířit objekt školy a původní botanická zahrada musela ustoupit nové výstavbě. Vyvstala tedy nutnost založit zahradu novou. 1. listopadu 1967 bylo vydáno rozhodnutí o výstavbě nové botanické zahrady a arboreta v návaznosti na dříve založené arboretum.

Zahrada byla budována na místě původního lesnického arboreta, ke kterému v dolní části přiléhal pozemek na navážkách po bombardování města za II. světové války, severně zahrádkářské kolonie a za ní pole tehdejšího státního statku.

V roce 1967 byla k arboretu přičleněna sbírka orchidejí z původně soukromých sbírek Ing. J. Duška a doc. J. Křístka, která tehdy čítala na asi 350 druhů a kříženců. Sbírku převzala Ing. Jarmila Matoušková, která ji provedla nelehkou cestou až do dnešní podoby tisíce taxonů včetně laboratoře na jejich množení.

Vedoucím arboreta se stal Ing. Antonín Nohel, CSc., který spolu s kolektivem spolupracovníků vytvořil dílo velké hodnoty.

Zahrada byla budována dle plánu Prof. Ing. Ivara Otruby, CSc. Sbírku skalniček a trvalek rozvinul Ing. Josef Holzbecher, CSc.

Technický stav skleníků se stal kolem roku 1995 neúnosným jak z hlediska bezpečnosti tak i spotřeby energie a kvality rostlin a proto se v roce 1996 začalo s výstavbou nového skleníkového areálu spolu s nadstavbou budovy a přístavbou učeben.

Na snímku vlevo nahoře je z větší části bývalý alpinkový skleník, v kterém se pěstovaly turecké skalničky rodu Dionysia, Primula allionii, sbírka himalájských orchidejí rodu Pleione a další. Za skleníkem byla vyhlídková terasa, na které byl na okraji záhon se skalničkami.

Dnes na místě terasy stojí učebna S127 nazývaná díky svému tvaru "šnek". Na místě alpinkového skleníku je učebna S122, které stavebníci říkali pracovně "vagon".

Na snímku vpravo nahoře je orchidejový skleník. Dlužno dodat, že po výstavbě nových skleníků, která byla spolu s rekonstrukcí budovy dokončena v roce 1997, se kvalita orchidejí díky mnohem světlejší konstrukci výrazně zlepšila.

Na snímku vlevo je budova v roce 1994.